NEWS
Norske SARS-CoV-2 gensekvenser nå fritt tilgjengelig gjennom den åpne genbanken ENA !
Rådata for norske SARS-CoV-2 gensekvenser blir nå for første gang fritt tilgjengelig gjennom den åpne genbanken ENA (European Nucleotide Archive). ELIXIR Norge og Folkehelseinstituttet (FHI) har samarbeidet om en teknisk løsning som laster opp de norske virussekvensene til genbanken sammen med informasjon om hvor prøvene kom fra. Løsningen sikrer at sensitiv informasjon om pasienten som hadde det aktuelle viruset ikke inkluderes.
I den pågående pandemien har det vist seg å være svært viktig at all tilgjengelig virusinformasjon deles så raskt og åpent som mulig, med helsepersonell og forskere verden over. Vi er derfor svært glade for at også norske virussekvenser nå gjøres åpent tilgjengelig sier professor Nils Peder Willassen ved UiT, nestleder for ELIXIR Norge, den norske forskningsinfrastrukturen for bioinformatikk og biologiske data. Ved deling av rådata er det mulig å foreta systematiske sammenligninger av alle tilgjengelige SARS-CoV-2-sekvenser internasjonalt - og det er viktig at norske sekvenser er en del av dette, sier Willassen videre.
Vi er svært glade for å bidra med norske virussekvenser i den internasjonale dugnaden sier Anna Karin Germundson Hauge, avdelingsdirektør ved avdeling for bakteriologi ved FHI. Hauge presiserer at såkalte konsensussekvenser fra det norske SARS-CoV-2 utbruddet tidligere har vært delt med det internasjonale samfunnet gjennom GISAID, et verktøy for rask utveksling av utbruddsdata. Men gjennom samarbeidet med ELIXIR Norge sikrer vi nå at også alt underlagsmateriale kan deles.
Willassen og ELIXIR Norge har i samarbeid med FHI utviklet en teknisk infrastruktur som gjør det enklere å gjøre rådata fra den norske SARS-CoV-2 overvåkningen åpent tilgjengelig i internasjonale genbanker, som ENA, en kvalitetssikret internasjonal database som samler og ivaretar alle typer nukleotidsekvenser. Løsningen benytter seg av NeLS, den norske e-infrastrukturen for livsvitenskapelige data, som er utviklet av ELIXIR Norge, og TSD, Tjenester for sensitive data, utviklet ved USIT ved UiO. Løsningen bevarer all informasjon som er nødvendig for åpen gjenbruk av data, samtidig som at alle spor fra pasienten som har hatt det aktuelle viruset fjernes, slik at personvernet hele tiden er ivaretatt.
Kontakt:
Christine Stansberg, Seniorrådgiver, Nodekoordinator ELIXIR Norge, Christine.Stansberg@uib.no +47 402 33 184
Inge Jonassen, Professor, Leder ELIXIR Norge, Inge.Jonassen@uib.no +47 905 24 316
Nils P Willassen, Professor, Nestleder ELIXIR Norge og leder ELIXIR Tromsø, nils-peder.willassen@uit.no +47 77644651
Anna Karin Germundson Hauge, Avdelingsdirektør, Avdeling for bakteriologi, FHI, Anna.Hauge@fhi.no +47 464 86 056
ELIXIR Norge: https://elixir.no
FHI: https://www.fhi.no
ENA: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
Om ELIXIR:
ELIXIR Norge er den nasjonale forskningsinfrastrukturen for bioinformatikk og ledes av Universitetet i Bergen (Professor Inge Jonassen) i samarbeid med Universitetet i Tromsø (Professor Nils Peder Willassen), NTNU (Professor Pål Sætrom), NMBU (Professor Dag Inge Våge) og Universitetet i Oslo (Professor Eivind Hovig).
Arbeidet beskrevet over er delfinansiert av infrastrukturprogrammet til Norges Forskningsråd gjennom prosjekt 270068 ‘ELIXIR2’, og av Europakommisjonen sitt Horizon 2020- infrastrukturprogram gjennom prosjekt 871075 ‘ELIXIR-CONVERGE’.